The water and local food didn't agree with my stomach.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーThe water and local food didn't agree with my stomach.
「水と現地の食事が合わなかった」
didn't agree with my stomach で「お腹に合わない」=「合わなくてお腹を壊す」ことを言えます。
例:
I went to Mexico on vacation, but the water and local food made me sick to my stomach.
「旅行でメキシコに行ったが、水と現地の食事が合わなくてお腹を壊した」
このような言い方もできますよ。
ご参考まで!