It feels like the time I've spent with you has only been a short time.
Time flies when I'm with you も Time passes very quickly when I'm with you も「一緒にいると時間が経つのを早く感じる」という意味です。それはつまり「いくら時間を一緒にすごしても足りない」というニュアンスです。
「いくら時間を一緒にすごしても足りない」と英語で言いたいなら、No matter how time I spend with you, it never feels like enoughと言えます。
また、「本当は付き合いが長いのに短く感じる」という気持ちを伝いたいなら Even though we've known each other for a long time, it feels like we've only known each other for a short timeと言えます。
ご参考になれば嬉しいです。
The time I spent with you felt like a very short time.
「時間を過ごす」という意味の spend の過去形 spent を使って、The time I spent with you（あなたと過ごした時間）を主語にしました。
feel like ~ は、~ の部分に名詞を入れて、「〜のように感じられる、どうやら〜らしい」という意味で用います。
It feels like wool.
（ウールのような感じがする）
It feels like snow.
（どうやら雪らしい）
feel like の後ろに、~ ing を持ってきて、「〜したい気がする」という意味でも使えます。
I feel like going for a walk.
（散歩に行きたい気がする）
「とても短い時間」は、a very short time で、time（時間）は、普通、「不可算名詞」で冠詞がつきませんが、区切られたひとかたまりの時間は、1つの時間と考えますので、冠詞 a をつけます。
Have a good time!
（楽しんで！）
お役に立てれば幸いです。
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