「ほとんど...ない」は almost never が便利です。わたしはいつもこの表現を用いています。
あるいは hardly ever というのもあります。
seldom や rarely は受験のときに覚える単語で、文章では使うかもしれませんが口語ではあまり使わないと思います。
アメリカの方に尋ねたことがあるのですが、「会話だと almost never が最も一般的だろうね」という見解でした。(そのことからわたしは almost never しか使わないようになったのですが...。ただアメリカ以外の国では違うかもしれません)
though はこの場合は副詞で(接続詞もある)文末に付けて「...だけどね」という意味です。会話ではこの though はかなりよく使います(日本人はやや慣れないかも?)。
以下の例で though の品詞が違うことを確認してみてください。
The weather is nice, though it's a little bit cold.(接続詞)
= The weather is nice. It's a little bit cold, though.(副詞)
付加的に言う場合は、主語と動詞を省略した形でも問題ないので、
but very rarely(まれに、めったに〜ない)
のような表現を使えば、前がどんな内容でも付け加えることができます。
(seldomは文語的ですが、rarely は日常会話でも使われるので、大丈夫です。)
You may be asked for additional charge [fee], but very rarely.
not very often でもいいですね。
もう1つの方法としては、前の文の主語と動詞に合わせて、
You may be asked for additional charge [fee], but you rarely are.
と付け加える形もあります。
hardly ever~=「めったに~しない」
You can be required=「要求されることもある」
pay some extra=「追加料金を払う」
You can be required to pay some extra, but that hardly ever happens.
「追加料金を要求されることもあるけど、めったにそんなことは起きません」
ご参考まで