"Wait a sec, I'm filling it up with water right now."
「ちょっと待ってね、今水を溜めているところ」は、"Wait a sec, I'm filling it up with water right now." と言うのが自然です。
英語では「水を溜める」を fill up(満たす)という動詞を使って表現するのが一般的です。
I'm filling up the pool.
(今、プールに水を溜めています。)
The tub is filling.
(お風呂を溜めている最中です。)
I'm running the water.
((蛇口をひねって)水を出しているところです。)
→ お風呂を溜める際によく使われる自然な言い回しです。