アレルギー体質で身体が痒くなりがちなため、知らず知らずに頭などをかいてしまっています。
無意識に = unconsciously, without realizing it
この「keep」は「何回も何回もする」という意味です。
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Machigai Podcast
「reflex」は「あったこと・されたことにたいしてオートマチックな反応」と言う意味です。「考えずすぐやってしまう」と言う感じがありますが、「考えず何回もやり続ける」と言う感じもあります。特に自分の行動や他人の行動を説明するために使う言葉です。そういうわけで、「reflex」の使い方として「as a reflex」や「reflexively」と言います。
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Young, Gifted and Abroad
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーI often scratch my head without realizing it, and end up with a scab on my scalp.
「無意識によく頭を掻くので、頭皮にかさぶたができてしまった」
without realizing it「無意識に」
scab「かさぶた」
scalp「頭皮」
ご参考まで!