「そのことを知らないことに気づいた」を
素直に訳すと過去完了形にはならないと思います↓
I realized I knew nothing
→自分が何も知らないことに気付いた
had realized は「(過去のある時点で)気付いていた」という時に使えると思います。
例)
After I got home, I had realized something critical: the thief never turned off the phone. Why?
〔The Verge-Nov 11, 2014〕
参考になるといいです。
ありがとうございました