「〜する習慣はありますか」= do you usually ~? / Are you in the habit of ~ing? / Do you ~ regularly?
「うがいをする」= gargle / rinse one's mouth out
「うがいをする習慣はありますか?」= do you usually gargle? / Are you in the habit of gargling? / Do you gargle regularly?
一番自然な言い方は最後の「Do you gargle regularly?」という言い方だと思います。
もし誰かの習慣についてを聞きたいなら、regularly•usually•often のような言葉が使えます。
その理由、英語で現在形を使えば、「よく」というニュアンスがあります。
けど、日常のことの話にはそんな聞き方をよくつかわれていません。Do you have a habit of -ing? / Do you _ regularly? は医者さんみたいな言い方であります。
歯医者: Do you gargle regularly?
友達や家族: (Do) you gargle? または (Do) you gargle every day?