回答
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It has been so much fun having you here.
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It was so much fun having you here.
have you を直訳すると「あなたを持っている」のような少し違和感がある表現ですが
誰かが自分の家に滞在したり遊びにきたりするときによく使います。
1番の例はまだ本人が目の前にいて空港などでお別れのときに適しています。
2番目はもう本人は帰った後でメールや手紙で伝えるときに過去形を使うと自然です。
回答
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I have been able to have an amazing time because you came.
Been able to have an amazing time は楽しい時間を過ごせましたと言う意味です。
because you came はあなたが来てくれたおかげでと言う意味です。
お役に立ちましたか?^_^