これはとても良い質問ですね！
僕のお気に入りの英語を共有します：
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It doesn't add up.
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直訳すると「計算が合わない」という意味になりますが、
ニュアンスがまったく一緒なので、強くオススメします！
使用例：
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A: They arrested Jack, but the note the killer left is clearly signed "John."（「逮捕されたのはジャックだが、犯人が残した手紙には、はっきりと「ジョン」のサインが・・・」）
B: Hmm. It doesn't add up.（「ふむ。辻褄が合わないな。」）
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２つの話を比べて、「話が食い違う」と言うとき：
- Your stories are inconsistent (with each other).
*inconsistent「矛盾した、食い違った」
- Your stories don't add up.
*add up「つじつまが合う」
ある１つの話のつじつまが合わないと言うとき：
- Your story is full of holes.
*「穴だらけ」ということ。
- Your story is full of inconsistencies.
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