1) There's still some juice left in this bottle.
「このペットボトルにジュースがまだ残ってるよ。」
There is still some ... left in ~ で「〜の中にまだ...が残っている」という言い方です。
2) This bottle is not empty yet.
「このペットボトルまだ残ってるよ。」
is not empty yet を使って「まだカラじゃない」=「まだ残ってる」となります。
「もったいないから全部飲んで。」は、
It's a shame to waste it so drink it all if you can.
It's not nice to waste so try to finish it all.
のように言えます。
ご参考になれば幸いです!