こんにちはzoroさん、
1)The shape of the ice changed over time.
時間にわたって氷の形変化した
氷の形 = the shape of the ice
changed = 変化した
over time (時間にわたる)
2)The ice changed shape over time.
氷の形は時間と共に変化した
With time = 時間と共に
ご参考になれば幸いです
The shape of the ice changed as time goes by.
氷の形は時が経つにつれて変化した。
The ice changed its shape as time goes on.
氷は時が経つにつれて、その形を変化させた。
by = 時が流れていくのを眺めている感じ
on = その時の流れに乗っている感じ
という感覚の違いはありますが、も「時が経つにつれて」と訳せる表現だと思います。