ご質問ありがとうございます。
直接的に訳すと「What should we do for our project's theme?」となりますが、この状況で「project's theme」はちょっとおかしいです。「What topic should we do for our project?」の方が自然だと思います。
因みに、「The due for a group assignment is coming very soon but we haven’t do any.」はほとんど良いですが、「The due date for the group assignment is coming up very soon but we haven't done anything yet.」の方が分かりやすいです。
ご参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
