「御朱印は参拝の証し(記録)です」と、参拝しないで御朱印を申請し頂く方に伝えたいのです。
二つの言い方を提供させていただきます。まずは「To receive your stamp, please complete a visit first」(御朱印をいただくには、まず参拝をしてください)です。
そして「To be eligible to receive a seal you must first complete a visit of the temple」(御朱印をいただけるようになるには、寺院の参拝が必要です)とも言えます。Temple(寺院)への訪問と理解して答えましたから間違いでしたら正しい呼び方をお入れ換えください。
「御朱印は参拝の証し(記録)です、参拝後のみ頂けます」ということを伝えたい場合は、「The seal is a record of your visit, it can only be obtained after your visit」と言えます。
「御朱印は、参拝をしてから頂きましょう。」を英語で伝えたい場合、"Please receive the Goshuin only after offering your prayers." というフレーズが適しています。