Think about A and B separately. Because they have absolutely no connection to each other.
この場合の「分けて」は separately （別に）で言えばいいと思います。
お互いに to each other
全く absolutely/completely
関連 connection/relation
していない don't
ので because
「ごちゃ混ぜで考えるのでなく、分けて考えて」というのは Don't think about them together, think about them separately で表現できます。
参考になれば幸いです。
A and B are two completely separate things. There is no relation between them so don't mix them together. Think about them separately.
ご質問ありがとうございます。
"A and B are two completely separate things."＝「AとBは完全に別のものだ。」
"There is no relation between them"＝「二つの間には一切関係が無い。」
"so don't mix them together."＝「なので、ごちゃまぜにしないように。」
"Think about them separately."＝「別々に考えて。」
ご参考になると幸いです。
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