The air is stagnant. 空気が淀んでいる。そのままの訳です。形容詞stagnantは水や空気などが流れない様子、時には経済が発展しない状況を表す時にも使います。
The air room is stuffy. 形容詞stuffyは換気が悪い状態を意味します。また新鮮な空気が不足してる場合などにも使います。
社内の淀んだ空気を表現する場合、比喩的な発想として、gloomy atmosphere of(over) the company, gloomy air of(over) the companyと表せます。動詞はrefresh動詞を使い、I’d like to refresh the gloomy air of(over) the company.はどうでしょうか？
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