ある可能性が低い場合は、上よりも下の方が良い感じとなりますか?
I had been wondering for a while if he was somewhere in there.
I had been wondering for a while if he wasn't somewhere in there.
「〜があるんじゃないんだろうか?」と言う場合、英語で "doesn't that exist" または "isn't that possible" と言う2つの質問で表現できます。
例文:
"Doesn't the book for American history exist?" 「アメリカの歴史の本はあるんじゃないんだろうか?」
"Isn't it possible that he went to her party?" 「彼が彼女のパーティーに行ったことはあるんじゃないだろうか?」
ご参考になれば幸いです。
ちょっと状況が飲み込めないので、回答がしにくいのですが、
I had been wondering だと「しばらくの間そう考えていた(今は考えていない)」です。
I have been wondering だと「ここしばらくそう考えている(今も含めた長い期間)」です。
I was wondering だと「ちょっとそう思った(今思った、または過去に思った)」です。
I am wondering だと「今まさにそう考えている」です。
例えば、挙げていただいた文から推理すると
I had been wondering for a while if he was still there or not.
彼がまだあそこにいたのかどうか私はしばらく思い悩んでいた。
I had been wondering for a while if he wasn't there at that time.
彼はあの時、そこにいなかったのではないかと私はしばらく思い悩んでいた。
というようなことが言えます。
「あるんじゃないか」については、例えば「お宝はまだ洞窟の中にあるんじゃないだろうか」という場合、私なら以下のように訳します。
I'm guessing (that) the treasure could still be in the cave.
私はお宝がまだ洞窟の中の可能性があると推測している。
wonder はあれこれ悩む感じの「思う」「考える」なので、「あるんじゃないか」というのは仮説を立てている方になるのではないかと思います。