どういう状況で使うのかがわかりませんが、下のように言えるかと思います。
例:
I thought Mr. Thompson was Mr. Nelson.
「トンプソン氏はネルソン氏かと思い込んでいた。」
I thought A was B. という言い方。
もう一つは assume(思い込む・決めてかかる) を使っても言えるかと思います。
例:
Some people assume that Toronto is the capital of Canada but it's not. It's Ottawa.
「トロントがカナダの首都と思い込んでいる人もいるけど、それは間違いです。首都はオタワです。」
assume A is B の言い方。
ご参考まで!