どういう状況で使うのかがわかりませんが、下のように言えるかと思います。
例：
I thought Mr. Thompson was Mr. Nelson.
「トンプソン氏はネルソン氏かと思い込んでいた。」
I thought A was B. という言い方。
もう一つは assume（思い込む・決めてかかる） を使っても言えるかと思います。
例：
Some people assume that Toronto is the capital of Canada but it's not. It's Ottawa.
「トロントがカナダの首都と思い込んでいる人もいるけど、それは間違いです。首都はオタワです。」
assume A is B の言い方。
ご参考まで！
I was convinced he was the manager, but I was wrong.
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
I was convinced he was the manager, but I was wrong.
とすると、「彼が店長だと思い込んでいましたが、[勘違い](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/36732/)でした。」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
be convinced 確信している
assume 確かめずにそうだと思う
mistake someone for someone else 人を別の人と取り違える
参考になれば幸いです。
カナダ 
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