I know but this is the only table that's open, do you want to sit separately?
そんな事言ったってと言う表現はそれは分かるけどと言いたい感じだと
思うので I know but と言うのがおすすめです。
とりあえず嫌だと言う子供に共感して見るのも良いでしょう。
ここしか空いてないはこの席(テーブル)しか空いてないで
this is the only table that's open と言えます。
バラバラに座りたいのと聞く場合は do you want to sit separately
で伝わると思います。