I had thought I understood it at the time, but it seems that sometimes I misunderstand.
ご質問ありがとうございます。
この表現の動詞の時制にご注意ください。
「その時は」=「at the time」
「理解していたつもり」=「I had thought I had understood」
「でも」=「but」
「勘違いしていることがある」=「sometimes I misunderstand」
「it」は代名詞として、「映画」を指します。「seems」=「〜みたい」なので、この状況でよく使われています。
ちなみに、「sometimes」=「時々」ですが、あった方がいいと思います。
ご参考になれば幸いです。