ーI know you didn't mean anything bad by that, but you shouldn't make comments like that.
「悪気がないのはわかっているけど、そんなコメントはしないほうがいいよ。」
I know you didn't mean anything bad by that で「悪気がないのはわかっている」
make comments で「コメントをする」
ーI know you didn't mean any ill will when you said that, but you still can't say things like that.
「それを言った時に悪気がなかったのはわかるけど、それでもそのようなことは言っちゃダメだよ。」
I know you didn't mean any ill will when you ... で「あなたが…した時に悪気がなかったのはわかる」
ill will は「悪意・反感・敵意」
ご参考まで！
"悪気はないってわかってる"は「I know you didn't mean any harm」と表現できますね。こちらの例では「harm」で"害、損傷"と言い表してます。
次の例文は変わって"あなたが善意でそれを言った/やったとは分かってるけど～"と言う表現になります。こちらの例では「meant well」で"善意から～"または"悪気のなかった"と言うニュアンスの表現をしています。
例
・I know you didn't mean any harm but you shouldn't go and say things like that lightheartedly（悪気がなかったのは分かってるけどそんな事を軽々しく言わない方がいいよ）
カナダ 
アメリカ合衆国 
