その時は分かっていても後で理解できていないことがあるって英語でなんて言うの？

この場合、次のような言い方ができますよ。

ーSometimes you think you understand something at the time, but then you realize later that you didn't.
「そのときは理解していると思っていても、後から理解していなかったと気がつくことがある」
at the time「そのとき」
to realize later「後から気がつく」

ご参考まで！

ご質問ありがとうございます。
・「At the time, I thought I understood, but later realized I didn't.」

（意味) その時は理解できているけれど、後になってやっぱり理解できていないことが分かった。

<例文>At the time, I thought I understood, but later realized I didn't. So I had to study it again.
<訳>その時は理解できているけれど、後になってやっぱり理解できていないことが分かった。そのためもう一度勉強しなければなりませんでした。

参考になれば幸いです。