お書きになりました文でもよいと思いますが、
その場合は相手の言ったことに対してなので、最後をthis ではなくthat に
した方がよいですね。
「（相手の言葉に）深い意味があると思った」というニュアンスでしたら、
I thought there was a deep meaning in that.
in that にしたのは
「相手のその言葉の中に、実は深い意味があるのだと思った」という
ニュアンスにしたためです。
there was と過去形にしているのは、thought との時制の一致です。
ご参考になれば幸いです。
もしくは、自分が読みきれてないかも？と言う意味で問いかける方法もあります。
Is there some meaning behind that?
【訳】その言葉の裏には何か意味が含まれてるの？
他にこのような言い方もあります。
Do you mean something more?
【訳】何かもっと意味があるの？
I thought you meant something more.
【訳】もっと何か意味があるのかなと思った。
「深い」＝ deepが入った方が正確な訳だとは思いますが、他の表現も知ってて損はないと思います。
日本 
