There seems to be miscommunication between the server and the cook.
I don't think the server communicates well with the cook.
「注文を取りに来る人」「料理を作る人」はそれぞれ、"a server" "a cook" と表します。
"seem 〜" は「〜のように思われる」という意味です。"There seems to 〜" で、「〜ということがあるように思われる」となります。
"miscommunication between A and B" は「AとBの間に伝達不十分」ということを表します。
"I don't think (that) 〜"「〜とは思わない」の表現に関して、否定形にするのは通常"think"の方であり、that以下は肯定文にします。
"A communicate with B" は「AがBと連絡を取る、コミュニケーションを取る」となります。
「上手に」は "well" で表すことができますが、ここでは「"正確に"コミュニケーションを取る」という場面なので、"rightly" "accurately" "properly" なども適しているでしょう。