I have had to replace and correct different documents again and again, so I'm sorry for the confusion.
この二つの言い方は「[申し訳ない](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/48054/)」という気持ちが入っていますから、適切な表現になると思います。
「何度も[資料](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/38048/)を差替えたり修正しているので」というのは I have had to replace and correct different documents again and again so ~ で言えます。
apologize という英語表現を使うこともできます。「[謝る](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/43197/)」という意味で、sorry よりも丁寧な印象があります。
例：
I apologize for the confusion.
混乱させてしまって申し訳ございません。
confusion = 混乱
mix up = 混同
参考になれば幸いです。
「[混乱](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/55139/)」の英語で一番近い言葉は "confusion" ですが、類語として"being unclear" 「はっきりしていないこと」が使えます。また、「[すみません](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/132555/)」と謝る場合は "sorry" と言うと良いでしょう。
例文：
I'm sorry for confusing you about the time we are meeting. 「約束時間のことについて混乱させてすみません。
I'm sorry for being unclear about the document. 「書類のことについて混乱させてすみません。」
ご参考になれば幸いです。
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば次のような英語表現はいかがでしょうか：
I apologize for the confusion.
混乱を招いてしまい申し訳ございません。
I'm sorry for confusing you.
混乱させてしまいすみません。
apologize は sorry よりもフォーマルな印象があります。
ぜひ参考にしてください。
以下のように表現することができます。
Sorry for causing confusion.
混乱を招いてしまい申し訳ございません。
I apologize for the confusion.
混乱を招いて申し訳ございません。
confusion で「混乱」を英語で表現することができます。
confused と言えば「混乱している」となります。
お役に立てれば嬉しいです。
またいつでも質問してください。
オーストラリア 
日本 
アメリカ合衆国 
