「腑に落ちる」は英語で伝えるのがなかなか難しい表現ですね。
make sense（[意味](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/32891/)を成す）という言い方を使って
That makes total sense.
のように言えば「[完璧](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/57870/)に意味を成す」、つまり「[納得](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/58565/)」という感じの
ことは表せます。
ちなみに that は相手の話や説明などを指していると考えてください。
西澤先生の回答の total を見て、ああ、そんな風にいえばいいんだなあ！と思いました。別の表現を付け加えるならば、こんなのはどうでしょう？
Your story makes sense to me. (君の[話](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/56403/)が腑に落ちましたよ。納得しましたよ）
Your story doesn't make sense to me.
（君の話はどうも腑に落ちないんだよね）
understand を強調して、まるまる、深く納得したという意味をこめて
I fully understand what you said.
(あなたが言ったことが腑に落ちましたよ（まるまる納得しましたという状態））
わかった、時に使う I got it に ようやくfinally を付け加えてもそんな意味をこめられますよ。
I finally got it. ([ようやく](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/52258/)腑に落ちましたよ）
いかがでしょうか？参考になさって下さいね。
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